当作物含有不该存在的物质时该怎么办：农药残留、重金属、微生物污染和真菌毒素 (mycotoxin)。检测、有限的修复选项，以及批次彻底失去销售价值的临界点。
工作顺序应当是预防、检测，然后才是修复，而第三个环节也是三者中最薄弱的。臭氧和辐照灭菌 (γ射线/电子束) 可以降低微生物数量，但对内吸性农药无能为力；提取过程可能会浓缩污染物而非将其清除；并且目前没有任何常规工艺能可靠地去除根部吸收的重金属。
有两点需要明确指出。面向监管市场的产物是根据该目标市场的标准进行检测的，而不是根据生产国的标准；同一份检测报告 (COA) 的批次在某地合格，换到另一地就可能被判定为不合格。此外，修复还涉及合规层面：对于在 GACP 和 GMP 认证下的生产，任何未经记录、私下试图清理不合格批次的行为本身就是一项违规项。这就是为什么围绕偏差 / CAPA 的文件记录与实际处理过程同等重要。
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