當作物帶有不該出現的物質時該如何處理：農藥殘留、重金屬、微生物污染以及真菌毒素 (mycotoxin)。本篇將探討檢測方式、有限的修復選項，以及批次達到無法銷售程度的判定臨界點。
工作流程的優先順序為預防、檢測，最後才是修復，而第三個環節也是三者中最脆弱的一環。臭氧和輻照滅菌 (γ射線/電子束) 可以降低微生物數量，但對系統性農藥完全無能為力；提取過程可能會濃縮污染物而非消除它；此外，目前沒有任何常見工藝能可靠地去除經由根部吸收的重金屬 (鉛、砷、鎘、汞)。
有兩點需要明確說明：第一，面向受監管市場的產品，是根據該目標市場的限量標準進行檢測，而非生產國的標準，因此在某地合格的批次，憑同一份證書在另一地可能會被判定不合格。第二，修復具備合規層面的考量：對於在良好農業與採集規範 (GACP) 和良好生產規範 (GMP) 認證下的生產，未經記錄便企圖清潔不合格批次的行為本身就是一項違規發現，這也是為什麼圍繞偏差 / CAPA 的文件記錄與實際處理過程同等重要。
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